O regulamento aumenta a possibilidade de mais times classificados para a segunda fase da Copa São Paulo Juniores de 2016. A Competição será disputada em sete fases: primeira, segunda, terceira, quarta, quinta, sexta (semifinal) e sétima (final).
De acordo com regulamento, a participarão da primeira fase um total de 112 (cento e doze) Clubes que serão divididos em 28 (vinte e oito) grupos de 01 (um) à 28 (vinte e oito) e que jogarão entre si, dentro do grupo em turno único, classificando-se para a segunda fase os 02 (dois) Clubes com o maior número de pontos ganhos em cada grupo, considerados exclusivamente os resultados obtidos nesta fase, observando-se, caso necessário, os critérios de desempate previstos neste REC.
A segunda fase será disputada por 56 (cinquenta e seis) Clubes classificados na primeira fase pelo sistema de eliminatória simples, conforme critério.
A terceira fase será disputada por vinte e oito Clubes classificados na segunda fase pelo sistema de eliminatória simples.
A quarta fase será disputada por quatorze Clubes classificados na terceira fase pelo sistema de eliminatória simples.
O regulamento determina que, classifica-se também para a quinta fase o Clube com melhor campanha entre os perdedores das partidas 43 à 49.
A quinta fase será disputada por 08 (oito) Clubes classificados na quarta fase pelo sistema de eliminatória simples.
A sexta fase (semifinal) será disputada por 04 (quatro) Clubes classificados na quinta fase pelo sistema de eliminatória simples. A sétima fase (final) será disputada pelos 02 (dois) vencedores da sexta fase.


















