O Botafogo participou da primeira vez da Copa do Brasil em 1989, com boa participação contra o Cruzeiro-MG, tendo empatado os dois confrontos, perdendo a vaga nas cobranças de pênaltis.
A primeira vitória do time botafoguense na competição aconteceu em 2011 fazendo 3 a 1 contra o Vitória da Bahia. Neste mesmo ano o time paraibano conseguiu a classificação para a segunda fase pela primeira vez.
O maior desastre do Botafogo na Copa do Brasil foi registrado em 2001 quando perdeu para o São Paulo por 10 a 0. Veja a campanha do Botafogo na competição brasileira, que ainda tem uma derrota para o Vasco da Gama por 7 a 0, no Rio de Janeiro:
1989
Cruzeiro-MG 0×0 Botafogo-PB
Botafogo-PB 1×1 Cruzeiro-MG
1998
Botafogo-PB 2×3 Bahia-BA
Bahia-BA 2×1 Botafogo-PB
1999
Botafogo-PB 3×3 Flamengo-RJ
Flamengo-RJ 2×1 Botafogo-PB
2001
Botafogo-PB 0×1 São Paulo-SP
São Paulo-SP 10×0 Botafogo-PB
2002
Botafogo-PB 1×3 Figueirense-SC*
2003
Botafogo-PB 1×4 Flamengo-RJ *
2004
Botafogo-PB 0×2 Corinthians-SP *
2006
Botafogo-PB 1×1 Vasco-RJ
Vasco-RJ 7×0 Botafogo-PB
2011
Botafogo-PB 3×1 Vitória-BA
Vitória-BA 0×0 Botafogo-PB*
Botafogo-PB 0x1 Caxias-RS
*Caxias-RS 3×1 Botafogo-PB
2014
Botafogo-PB 2×0 Goiás-GO
Goiás-GO 0×0 Botafogo-PB
Botafogo-PB 1×1 Santa Cruz-PE
Santa Cruz-PE 2×1 Botafogo-PB
2015
Botafogo-PB 2×2 Botafogo-RJ
Botafogo-RJ 4×2 Botafogo-PB
2016
Linense-SP 1×1 Botafogo
Botafogo 1×1 Linense-SP
River-PI 0x1 Botafogo
Botafogo 1×0 Rive-PI
Botafogo 3×0 Ceará
Ceará 0x0 Botafogo
Palmeiras-SP x Botafogo
Botafogo x Palmeiras-SP
